A finales del siglo IX el conde Diego Rodríguez Porcelos repobló Poza construyendo el castillo para la defensa del nuevo territorio. Esta repoblación se enmarca en el mismo periodo que la construcción del castillo de Pancorbo y la fundación de Burgos en 884, fijándose nuevas fronteras. Como otros castillos de esta época, seguramente se trataría de una torre principal rodeada de algunos muros y barbacanas.
En el siglo XIV, la familia Rodríguez de Rojas construyó el castillo actual sobre el anterior castillo del siglo IX.10 Con este nuevo castillo y sus murallas, la villa de Poza quedaba completamente protegida.
En 1528, sirvió de prisión para los embajadores de la Liga Clementina por orden del emperador Carlos V.11
El castillo fue rehabilitado en 1808 por tropas francesas y soportó continuos ataques de guarniciones burgalesas, entre otros del guerrillero apodado Longa,11 hasta el fin de la guerra de la Independencia.

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